明太祖朱元璋建立明朝不久，感到丞相的权力太大了，对他的皇权专制有很大的牵制，这他感到要行使帝王权力时有丞相在会碍手碍脚的，要干大事不顺手。
这是因为根据以前延续下来的丞相制度，皇帝的诏书颁下之后，如果未经丞相（宰相）签署，诏书是不能生效的。
这一丞相制让朱元璋受不了，所以，他为了加强专制权力，索性把丞相的职位撤销了，这能够顺畅地实行他的帝王专制政策。
在以往的朝代，丞相拥有着部分的决策权、议政权以及行政权，“三权”在手，皇帝虽然掌握着最高的决策权，但其实在执政的权力方面还不如丞相，朱元璋撤了丞相，收回了所有的决策权，并直接指挥行政部门，使集权专制制度得到了空前的强化。说白了，就是他自己兼任丞相，把手伸长了，直接掌管“六部”（六科）。
朱元璋
如此一来，皇权专制得到了巩固，朱元璋行使皇帝的权力很顺畅，下旨后不需要再经丞相签署便能施行。
朱元璋感到这才真正是当皇帝的样子，大权独揽，想怎么干就怎么干！但是，问题来了，没有丞相为他将复杂繁琐的朝中大小政务揽住，没有丞相帮他处理来自六部的各种报告和建议，很多事都要由他自己处理，皇帝一人要独自应付来自六部的繁杂事务，这必然是应接不暇的，皇帝会忙于杂事而少了很多时间和精力去做重大决策，这常会被乱事缠身而耽误决策，误了大事。
朱棣把建文帝的皇帝位抢了，成了明成祖，他将办公地点搬到了北京，新朝刚立，事务繁多，千头万绪，他忙不过来，很想有个丞相来帮他处理杂事，但他又不能违背朱元璋撤去丞相职位的旨意，于是，朱棣便建立了一个秘书班子，即内阁咨询机构，为他将杂事理出头绪，提出处理方案，供他作决定。
内阁的阁臣们（秘书们）随时为他的决策负责。
朱棣
内阁机构对朱棣很有用，后来逐渐变大了，内阁的阁臣们辅佐办的事越来越多，渐渐地朱棣就把议政权交给内阁，相应的，也把行政权分给“六部”（六科），由吏、户、礼、兵、刑、工各部官员去分门别类地办理具体政务。可是，朱棣依然把决策权牢牢地掌控在在自己的手里。决策权是皇权专制的命根子，朱棣必然是要自己牢牢掌握的。
这样一来，朱棣就轻松多了，他能腾出手来办大事，而搞质询、出主意、拟方案的事就交由内阁去负责，办理各种政务的事由“六部”去负责，他着力于对重大事项做出决策，把专制皇权用在关键的地方。如此一来，管理就比之前更顺畅更有效了。
与中央政府相对应，明朝在地方上设立了“三司”，由提刑按察使司分管司法，由都指挥使司分管军事，由承宣布政使司分管行政，三司分立，按所管辖的任务对上面六部及相应的职能管理部门负责。
当然，从朝廷的整个治理结构来说，除了内阁之外，还有都察院、刑部、大理寺和五军都督府。
都察院在洪武十五年之前是御史台，后来才改为都察院，专门负责监察、弹劾及司法方面的建议，都察院的长官为左、右都御史，下设副都御史、佥都御史；刑部负责主管全国刑罚政令及审核刑名；大理寺负责掌管重大案件的最后审理和复核；五军都督府由之前大元帅府、枢密院改变而成，负责管理军队，洪武十三年（1380年），根据朱元璋关于“权不专于一司，事不留于壅蔽”的旨意，将大都督府一分为五，分成五个互相牵制的军事管理机构。
明朝中央政治机构
明朝还有一部分特殊机构，是由皇帝亲自掌控的，用来制约“一阁”“三司”“五军”的特务机构，即东厂、西厂、内行厂和锦衣卫。
锦衣卫成立最早，原为内廷亲军，是皇帝的卫队，后于洪武十五年（1382年）改为锦衣卫。
东厂于永乐十八年（1420年）设立于北京东安门北；西厂于成化十三年（1477年）设于旧灰厂；内行厂于正德初年设于荣府旧仓地。
这几个厂卫的建立都是有历史原因的，锦衣卫原本是朱元璋的御用拱卫司，是负责保护皇上安全的，卫中由一帮武将担任，护卫皇帝出巡，也兼管理仪仗、搜查危及皇帝的案件等，锦衣卫以皇帝旨意办事，权力并没有那么大，但毕竟直接向皇帝负责，朝中官员还是惹不起他们的。
朱棣登上皇位之后，为了防止锦衣卫一家独大，便建立了东厂，朱棣夺位时宦官曾出过大力，他也比较信任宦官，所以，东厂的首领就由他所信任的宦官担任，东厂的建立提升了宦官的权力，也开启了宦官干政的局面。
东厂有权监视朝中官员，并有权秘密抓人和独立审讯，东厂成了可怕的特务机构。
西厂是由明宪宗设立的，当时有妖道李子龙进入皇宫要刺杀成化帝，而宪宗对延续下来的东厂不信任，同时也为了抑制东厂，便设立了西厂，西厂有权监督东厂，同时也有权监察官民。西厂的主要骨干是从锦衣卫调来的，因为成化帝比较重视，所以其人数比东厂更多。
到了明武宗时期，掌管东厂的是马永成，掌管西厂的是谷大用，而这两个指挥使都有权直接向皇帝报告，他两不服当时的司礼监太监刘瑾的管制，刘瑾便利用他深受皇帝宠爱的特殊地位，奏请新设立了内行厂。
当然，内行厂的权力比东、西厂的权力还要大。
锦衣卫侦查官民，东厂侦查官民和锦衣卫，西厂侦查东厂，而内行厂则有权侦查锦衣卫、东厂、西厂和一切官民。
如此一来，刘瑾才能够制约马永成和谷大用等，进而把持朝政，为所欲为。
应该说厂卫的建立和发展是一个权力逐步扩大，功能效应越来越败坏的过程，锦衣卫建立之初，是为了护卫皇帝安全，并收集有利于皇帝安全的情报，而东西厂的建立，却主要是为了制约朝中文武官员，他们扮演着皇帝鹰犬的角色，而内行厂的建立，却是刘瑾利用皇帝给他的特权所建立起来的用以把持朝政的工具。
厂卫可直接奉诏行事，不受任何朝中政治机构的制约，有权任意逮捕官吏和平民，甚至抓捕皇族子弟，这便越过了司法机构，可以为所欲为了。权力的膨胀滋生了腐败，厂卫变成了恶毒的特务机构，制造事端，欺压朝臣，打击异己，专权擅政，不可一世。
厂卫机制的设立，导致了明王朝各个时期出现了专权的厂卫恶霸，如明成祖时的纪纲，明宪宗时期的刘瑾，明英宗时的逯杲，明武宗时的钱宁等，都是权力熏天，他们不但欺压地方官和平民，而且监视着藩王宗亲，压制文武百官，滥用权力，打击异己，贪污腐败，被认为是败坏明王朝的恶首，所以说，明王朝“国事败于厂卫”。
更要命的是，明朝的各任皇帝大都很信任宦官，支持厂卫，重用太监，赋予厂卫以非常大的权力，而厂卫的头领大多是有皇帝信任的太监来担任的，而这负责提督东西厂的太监又往往是司礼监掌印太监的亲信，这就造成了宦官集团在内朝形成了“内廷”机构，与外朝的内阁形成对峙，内阁与司礼监互动制约、互相牵制，相互矛盾，经常争斗不休。
而这也是明朝不少的皇帝所要的效果，因为权臣与大太监的相互制约便于皇帝掌控。
显然，这导致了明朝的内阁在朝廷的政治结构上受到了多方面的制约，它不但要受到来自都察院的督察，还要承受来自厂卫的侦查、监督、挤压和制约，内阁的决策权被皇帝全收走了，议政权部分分给了都察院，而行政权要行使经常会受到由太监集团掌管的“内廷”的抵制，更要命的是，政策建议的上呈和政令的下传都要受到“内廷”司礼监和秉笔太监的制约，明朝内阁在大多数时候要正常行使权力是很困难的。
比如，从奏本上呈来说，一般要将奏本统一送至通政使司汇总，再由司礼监呈报给皇帝，待皇帝审阅后再下传至内阁，之后，经内阁负责草拟处理建议，再由司礼监呈报皇帝批准，最后由六科校对准确，之后下发办理文件。
在这一过程中，内阁大臣的建议书写于纸条上贴在奏本上，称为“票拟”，供皇帝审阅；皇帝对内阁的建议以红笔作批示，称为“批红”。
只是，内阁上呈的建议若没有涉及国家大事，皇帝是不一定会看的，皇帝常只挑其中的几本奏章来看，余下的便由司礼监秉笔太监按皇帝口述之意代批，即代“批红”。
如此一来，太监的权力就大了，可以行使部分的代替决策的权力。
从明宣宗开始，这代“批红”成了太监的正常权力。
太监干政开始变得严重了。
显然，内阁的上呈下传皆依赖于太监，内阁的权力受制于太监集团，明王朝便形成了内廷与外廷相互制约的管制局势。
外朝有内阁，内朝有司礼监；内阁有首辅，司礼监有掌印太监；内阁有次辅，司礼监有提督东厂的太监，至于其他的内阁大臣，对标的是司礼监的秉笔太监、随堂太监等。
外朝有“三法司”，内朝有厂卫；外廷有地方督、抚，内廷有派往各地的镇守太监与守备太监等，内、外廷相互牵制、制约，互相争斗、较量。
这种内外廷设置虽然有利于皇帝对于朝局的掌控，有利于强化皇权专制，有助于皇帝利用内外廷的牵制机制来有力地掌控着权臣和掌权的宦官，但是，内外廷两股力量的互相抵制和争斗却造成了政治管理资源的严重耗损，削弱了中央机构的管理权威和力量，造成了明王朝政治体制的逐渐衰落。
有时候，内阁为了提高权力，不得不与内廷的掌权太监合作，如张居正就与冯保联手，避开牵制，以增强各自的权力。
比如，万历元年（1573年），当时十岁的神宗皇帝朱翊钧登基，长期伺候朱翊钧的太监冯保受重用，由秉笔太监升为掌印太监，帮助李太后负责教育小皇帝朱翊钧，当时任内阁首辅的高拱不能容忍冯保权力的扩大，授意阁臣呈报“还政于内阁”要求，并组织大臣上书弹劾冯保。
而在内阁居次辅地位的张居正却主动联手冯保，建议冯保在皇贵妃李氏和陈皇后面前告高拱居心叵测，冯保将高拱说的“十岁太子，如何治天下”改为“十岁孩子，如何作人主”。
这让李太后怀疑高拱的擅权之心，李太后立即以“专政擅权”之罪下旨令高拱回归原籍。
张居正随后升任为内阁首辅，而冯保的权力也得到了扩大。
张、冯二人一外一内，掌控朝权，这是明朝历史上少有的内外廷联手掌握大权的局面。
所以，张居正所主持的内阁其实是拥有了之前的相府的职权，张居正也俨然成了“丞相”。
张居正与冯保（剧照）
但是，在明朝的多数朝局，内外廷的矛盾是很激烈的，而且，由于太监集团受皇帝的信任和支持，内阁与司礼监的斗争常常以落败而告终，内阁弹劾内廷其实等于是外朝大臣在挑战皇帝的权威，皇帝若是责罚司礼监就像是打了自己的耳光一般，皇帝是不会干的，所以，内阁的大臣们往往会吃亏。
在皇帝的庇护下，太监的专权越来越厉害，司礼监常常很轻视内阁大臣，这也使太监的权力越发膨胀。
明熹宗时魏忠贤权力大到了让百官专门称呼他为“九千岁”，甚至连皇室成员也要称他为“九千九百岁”。
明宣宗朱瞻基（1399年3月－1435年1月）在内阁的发展和宦官权力的扩大方面都起着很特别的作用，一方面，朱瞻基准许内阁权力扩大，让进入内阁的贤臣能行使审议权和行政权，比起朱棣时代，内阁的权力扩大不少。
在他继位之后，他让永乐朝的贤臣杨士奇、杨荣、杨溥三位大臣进入内阁，出谋划策，参政议政，使内阁在朝政的管理方面发挥了很大的作用，创造了“仁宣之治”。
朱瞻基
可是，在另一方面，朱瞻基竟然下令命翰林学士教导宦官读书，原本在明朝初期，太监是被禁止读书的，而宣宗却鼓励宦官学习知识，以协助他批阅诏书，代行“批红”。
朱瞻基统治时期，他能恩威并施，牢牢掌控着皇权，太监不敢造次，可是，在朱瞻基之后，有几位明朝皇帝不把主要心思放在朝政上，加上善于掌控权力，问题就来了，太监利用代为“批红”的特权，乘机揽了部分的决策权，太监专权的局势便形成了。
因此，后来才会有刘瑾、魏忠贤之流的专权太监出现。
可以说，明朝阉党专权擅政局面的形成，与朱瞻基支持太监读书有极大的关系，当太监集团掌控了东西厂，又有文化知识，能执笔代皇帝“批红”，明王朝的衰弱也就难以避免了。
总之，朱瞻基政绩显著，被认为是明朝除了朱元璋、朱棣之外的很有作为的皇帝，但他准组内阁扩大权力，特别是支持太监读书，这扩大太监的权力，导致后来明王朝的权力被太监把持，使明朝走向了衰败。
从朱元璋开始，并经由朱棣和朱瞻基等的努力，明王朝在政治机构的设置方面，确实是越来越有利于皇权专制，越有利于保证朝廷的至上权力掌控在皇帝手里。
事实上，明朝皇帝对于朝廷权力掌控是很有效的，否则，就不会出现几位皇帝都长时间不上朝却依然能控制朝局的现象。
比如，明武宗朱厚照早年被太监宠坏，登基后依然荒嬉无度、整日玩乐，在位十六年，上朝次数很少；明世宗朱厚熜在其统治的中期以后，迷信方士，尊崇道教，不断修设斋醮，长期居西苑修道，不理朝政；明神宗朱翊钧厌烦朝政，二十多年不上朝，他成了明朝历史上最有名的长时间不上朝的皇帝。
这一现象表明，明朝的政治体制对皇权专制的强化是很有作用的。
而明朝皇权专制的强化主要是通过这几个方面来实现：一是通过撤销丞相职位，让皇帝独掌决策权，由皇帝直接掌管六部，消除相权对于皇权的威胁；二是培植“内廷”（以司礼监为首要机构）力量，使之与外廷（内阁）抗衡和牵制，防止内阁再演化为丞相府，限制了内阁权力的扩张；三是设立厂卫，实施对内阁朝臣的侦查、监控，皇帝通过特务机构这一特殊手段，达到对朝臣甚至藩王宗亲的控制，以强化专制皇权。
然而，明朝这些旨在强化皇权的机构设置虽然达到了巩固皇权专制的基本目的，但是，却也造成了严重的不利后果：
首先，丞相职位被撤销，皇帝直掌六部，这改变了历史上皇权与相权分开而有所牵制的管理机制，失去了相府对于皇帝决策的纠错功能，而一旦专权的皇帝重大决策失误，后果是很严重的；此外，缺少了丞相对于政务的管理，皇帝便要用很多时间和精力处理杂务，这影响了皇帝对决策的专注。
皇帝让具体政务缠身而不能专注于重大厥词，这得不偿失的。
也正为了解决这一被动局面，朱棣才会设内阁，以协助皇帝从杂乱政务中理出头绪，减轻皇帝的压力，可是，如果是比较软弱的皇帝，内阁权力就会加强，依然可能变成“丞相府”，朱元璋撤除丞相职位的策略就会落空，可见，撤相并非是全属高明之举。
其次，以内阁为首的外廷和以司礼监为首的内廷形成对应、对立，这虽然有利于皇帝对于内外廷的掌控，避免皇权被架空，但是，内外廷常常争权很严重，争斗很激烈，导致朝廷政治资源的严重耗损，内外廷在治政上互相扯皮，影响政令的施行，不利于国家发展。
而且，皇帝要用不少的心思、时间和精力来处于内外廷争执的事端，这对决策有明显的消极的影响。
再次，明朝后期太监专权非常严重，阉党擅权对朝廷政治生态的打击是巨大的，这导致了明王朝的衰落。
其实，明朝宦官专权是起因于皇帝想夺回权力，皇帝往往认为宦官只能依赖于皇帝，没有皇权的庇护，太监们是无法生存的，所以，皇帝比较信任宦官，认为他们好控制，于是，经常利用扩大宦官的权力来制约权臣或藩王。
其实，皇帝错了，宦官专权比朝臣专权更可怕，宦官没有其他追求，一旦专注于权力，其权力欲便会十分强烈，他们会疯狂追逐权力，结果，他们是什么事都做得出来的。
宦官权力大了，对朝廷的危害是非常大的。
比如英宗时的曹吉祥奉命总督三大营，权力很大；宪宗时的汪直开明代禁军掌于内臣之先河，武宗时的刘瑾是受宠的“八虎”之首，曾被被委任为掌管“五千营”的重任；思宗时的魏忠贤被称为“九千九百岁”，他排除异己，专断国政，以致人们议论说：“只知有忠贤，而不知有皇上。
”宦官的权力膨胀妨碍和牵制了阁权，不利于政令的畅通实施，而且，易于出现宦官口衔天宪控制内阁的局面，宦官一再擅权，正是明代政治日益腐败，最后变得不可收拾的重要原因。
东厂太监（剧照）
太监专权的危害很值得注意，这提醒人们，最高统治者身边的人一旦擅权揽政，其后果是很严重的。
至少有两种状况会出现：要么最高统治者被架空，权力落到了身边的人手里，而这些人拥有了权力便肆无忌惮，为所欲为，连统治者本身也控制不了了；要么这些所谓的“亲信”的太监会狐假虎威，并利用矫改旨意甚至假传圣旨来排除异己，以打压对手，敛财夺利，导致整个管理系统都失去效应。
当代管理者当以此为教训，警惕身边嗜权如命的人，不要为了得到他们的辅助而视他们为亲信，过多地放权给他们，否则，后果会很严重，到了他们抢了管理者的事业，后悔就来不及了。
最后，厂卫无制约的特权，造成对朝廷和社会的巨大危害，加速了明王朝的灭亡。厂卫是明朝的一大特色，有议论说：“明朝不亡于流寇而亡于厂卫。”这话是有一定道理的，它揭示了厂卫不是明王朝的捍卫者而是其破坏者。
皇帝培植厂卫原本是为了皇帝和国家的安全，后来变味了，主要是为了抑制内阁和皇室宗亲的力量，所以，为了依仗厂卫这特殊力量，当厂卫与内阁有矛盾时，皇帝往往是庇护厂卫，从而使其权力不断膨胀，而到了一定程度，因为没有约束机制，厂卫的掌控者，提督太监或指挥使，连皇帝也控制不了了，皇帝有时不得不对他们妥协，最后，厂卫的存在成了危及朝廷安全的破坏性力量。
厂卫的最大危害集中体现在对正常司法制度的破坏上。
首先，原本属于法司机构的侦缉、拘捕、关押、量刑、审判等基本司法权力，几乎都被厂卫一一窃取了。
而这些司法权力一旦被厂卫窃取，厂卫就代替了法司机关成了执法者，而没有约束的厂卫不遵守明朝法制，完全凭主观意识断案，大明律法就成了一纸空文。
有法不依，等于无法，厂卫的人可以无恶不作，朝臣和民众陷入了恐怖之中，社会一点安全感也没有。
其次，原本司法的最高权力是掌握在皇帝手里的，而一旦皇帝放任厂卫去自主办案（明代这种状况常常发生），最高司法权便会落到厂卫负责人的手里，厂公或者锦衣卫指挥使将拥有死刑复核权以及重大疑难案件的决定权，当然，这便能行使对朝中官员侦查权和用刑权，随意进行拘捕、讯问、量刑、审判，如此一来，冤案的出现也就毫不奇怪了。
原本皇帝掌握最高司法权，判案错了还有朝中舆论和清流的声音来约束，而厂卫造成再多的冤假错案，也没有人管了。
明代的厂卫的危害提醒后世的管理者，必须从中吸取深刻的教训：
第一，绝不能容许有任何力量破坏正常的国家法制秩序，司法机制一旦被破坏，便法令不行，法治不能正常运行。有法不依，国家必乱。厂卫破坏了明王朝的法司秩序，为明王朝的衰亡埋下祸根，这教训是深刻的。所以，用现在的话来说，“务必把权力关进法制的笼子里”，国家才能健康发展，社会才能安宁，民众才有幸福生活。
第二，维护法律的稳定性和权威性是保证国家管理机制正常运行的基本条件，绝不允许任何人凭主观喜好随意破坏法律。
法律是处理纠纷、判断是否违法的准绳，是执法时决定处罚的依据，其权威性是不可挑战的，法律面前人人平等。
法律的主观化将导致政治社会的腐败，毁了整个国家体制。
厂卫的最大危害是挑战法律的权威性，把法司变成了他们打击异己的工具，使社会陷入恐怖之中。
第三，必须保证法律的施行符合既定程序，不能随意改变程序来施行法律条款，否则，就如同无法可依一样，不能保证法律的公正性。
维护程序是正义的体现，随意改变程序，便是乱了法制，社会稳定将无法维持。
厂卫处理案件完全不依既定程序，完全按主观意向而办案，对法治程序置若罔闻，致使冤假错案频出，这导致了明朝满朝文武陷入恐怖不安的气氛中，朝臣们哪里还有心思和精力去处理朝政，有厂卫的为所欲为，明王朝必败无疑。
明朝衰败的教训是深刻的，现代的政治和企业的管理者都应该引以为戒。