一、东征日本
元军东征日本共有两次，第一次是在1274年，日本史书称为文永之66役；第二次是在1281年，日本史书称为弘安之役。
1259年，蒙古迫使高丽投降，其势力遂与日本隔海相望。当时，与蒙古建立外交关系的国家遍及欧亚，只有日本不与蒙古通好。忽必烈自然不能容忍这种状况继续存在下去。1266年忽必烈遣使持国书出使日本。行至巨济岛时因遇风暴而返。次年6月，又派人将国书送至高丽，责成高丽国王再派使者转送日本。9月，国书送抵日本。
忽必烈在国书中以“大蒙古国皇帝”的身份，要求日本“通问结好，以相亲睦”，但日本当局对这一要求未予理睬。
忽必烈怀疑高丽使者未去日本，又于1268年9月派黑的去日本，日本人拒而不纳。
次年6月，再命高丽使者持中书省牒文赴日，仍无结果。
在这种情况下，忽必烈于1270年11月，在高丽设置屯田经略司，随后诏谕高丽准备兵马、舰船、物资，以备经略日本。
与此同时，仍未放弃外交努力，1271年9月和1273年6月，两次派使到日本，逼日本臣服，否则将以武力相加。
这一最后通牒，仍未使日本屈服。
于是忽必烈决定发兵征日。
1273年4月，忽必烈派驻守高丽的元军统帅忽敦等人率军攻入耽罗岛，在岛上设招讨司，从而控制了日本与南宋间的海上通道。
1274年8月，忽必烈任命忽敦为征东都无帅、洪茶丘为右副帅，刘复亨为左副帅，统帅蒙汉及高丽军共3.2万余人东征日本。
10月3日，元军从高丽合浦（今镇海湾马山浦附近）出航，驶向对马岛，6日，元军在对马岛登陆，全歼日本守护军，占领对马岛，14日，过对马海峡。
傍晚，元军先头部队在壹岐岛登陆，与日守护军激战，日军战败，元军攻入城内。
16日元军逼近肥前沿海岛屿及西北沿海一带，肥前守护军惨败。
元军没有在肥前登陆，而是转向博多湾。
日本朝廷及幕府事先对元军发动进攻毫无察觉，直到20日才得知对马陷落。
日本的抗登陆作战，是在大宰府西守护所少贰兼任“三前二岛”守护藤原经资的指挥下进行的。
藤原经资得知元军转向博多，一面部署防御，令九州各地武士向博多集结，一面上报幕府。
10月19日，元军在博多湾登陆，占领今津地带。
由于这一带地形不利于大部队展开，且距大宰府尚有一日行程，于是元军撤回船上，准备次日进攻大宰府。
20日晨，元军分两路分别在博多湾西部的百道原和东部的箱崎方向登陆。
在百道原登陆的一部元军，上岸后遭到日军前线指挥藤原经贸率领的500名骑兵的抵抗。
元军战鼓齐鸣，杀声震天，弓矢齐飞，火炮齐鸣，日本武士心惊胆战，战马惶恐不前，被元军分割包围，“伏尸如麻”。
在百道原登陆的另一部元军，进入西部的赤坂高地，受到日军的殊死抵抗，被迫向展原方向后退。
在箱崎方向登陆的元军，击退守军的抵抗，占领岸边松林，从背后突击在百道原同元军作战的日军，日军腹背受敌，抵挡不住，向大宰府水城方向撤退。
元军紧迫不舍，由于刘复亨中箭受伤，追击势头有所减弱，加之天色已晚，元军遂停止进攻。
当晚，元军统帅忽敦召集将领讨论进止。
经过一天的战斗，元军登陆成功，并占领了一些地域，但伤亡不小，兵疲矢尽，统帅受伤，对日军的作战能力颇有惧意，加上对日军数量估计过高，遂决定全军撤回船上，翌日班师。
当夜，狂风暴雨大作，元军船只触礁的甚多，忽敦连夜冒着风雨撤军回国，第一次东征日本就此结束。
据史料记载，在这次征战中，元军损失兵力1.3万余人，主要是死于风暴。
元军首次渡海东征日本，因受风暴袭击，主动撤兵。
日本朝野认为这是神风天佑，于是在全国范围内展开了大规模的祈神活动，酬谢神灵庇佑，祈告神灵不要让元军再次入侵。
同时为防御元军再次来攻，日本镰仓幕府执政北条时宗大力加强备战，增加日本西部的防御兵力，并费时5年在博多湾沿岸筑起了一条10余公里长、6尺高、1丈宽的石坝。
还令大宰府西守护所少贰准备入侵高丽。
日本武士从此经常侵扰高丽南部沿海。
高丽请求忽必烈发兵进攻日本，以保障边境安全。
忽必烈第一次发兵东征，旨在以武力相威胁，迫使日本臣服，并不想占领日本。
忽敦利用忽必烈这种心理，以“入其国，败之”掩饰元军败退的实情。
因此，忽必烈以为日本受到打击后，可能改弦更张，与元通好。
于是派杜世忠等人持国书出使日本，以建立友好关系。
但北条时宗认为这是对他的侮辱，拒不接受国书，并将元使一行30余人全部处以斩刑。
元灭南宋后，忽必烈注意到杜世忠使日4年，音信全无。
南宋降将范文虎以自己的名义，再派使者赴日，又遭杀害，忽必烈于是定下了以武力征服日本的决心。
1279年，忽必烈即着手准备第二次征日，任命忽敦和洪茶丘为元军统帅。
第二年，又设征东行中书省，任命范文虎、忽敦、洪茶丘为中书右丞，行中书省事，以统一领导东征战备工作。
同时命范文虎去江南招集10万人、战船3500艘组成江南军，拟从庆元（今浙江宁波）启航，东渡日本，令洪茶丘、忽敦等组成东路军共战船900艘、4万人取道高丽，过对马海峡，进攻日本。
两路元军由阿刺罕统一指挥，择期出发，定于1281年6月15日会师壹岐。
1281年5月3日，东路军从合浦起航，开往巨济岛。
5月21日，直驶对马岛登陆。
守岛日军顽强抵抗，全部战死。
26日，东路军攻入壹岐岛。
按照作战部署，东路军应在此等候江南军前来会师。
但忽敦自恃有上次征日的经验，又想争夺头功，因而无视壹岐会师的计划，贸然率军从壹岐出发，驶向博多湾。
日本北九州镇西守护所辖部队，得知元军占领对马、壹岐后，在藤原经资率领下，立即进入沿海石坝阵地，严阵以待，6月6日，元军进入博多湾后，发现沿海滩头筑有石坝，难以登陆，又得知志贺岛和能古岛防御薄弱，忽敦遂令舰船靠近志贺岛锚泊。
当夜，日军小部队乘小舟偷袭元军纵火烧船，给元军造成一些损失。
7日晨，洪茶丘率军占领志贺岛。
志贺岛狭长，退潮时露出的海滩可直通陆地。
元军力图夺占海滩，以便从侧后进攻博多的守军。
于是双方对海滩展开了激烈争夺。
元军善于集团进攻，在狭长地带作战难以发挥这一特长，因此元军损失颇大，被杀千余人。
由于日军顽强抵抗，战斗持续到6月13日，元军未能前进一步。
时值盛夏，疏菜饮水供应困难，士兵长期在海上生活和战斗，疲惫不堪，疫病流行，病死者多达3000余人。
在这种情况下，抢占博多湾的计划已难以实现。
忽敦军遂决定于6月15日从志贺岛撤退，驶向壹岐岛，与江南军会师。
但江南军并未按事先计划如期抵达壹岐岛，这是因为阿刺罕侦知日本平户岛守军均被调至大宰府，遂决定将两军会师地点改为平户岛。
6月初，阿刺罕病死，接替指挥的阿塔海尚未到任，无人负责。
早在6月初江南军曾派出先遣舰队前往壹岐岛与东路军联系。
范文虎鉴于先遣队早已出发，不宜久等，遂在阿塔海尚未到职的情况下，令江南军于6月18日分批开航。
7月，“范文虎、李庭以船三千五百艘，兵十万余至次能、志贺二岛，忻都（忽敦）、洪茶丘率所部会之。
舳舻相衔而进，屡为日本人所却，招讨使忽都哈思等战没，诸将以略失利，乃移于肥前鹰岛”。
7月27日，元军在开往鹰岛途中，先头部队受到日本水军攻击。
范文虎与忽敦“欲先攻大宰府，迟疑不发”，在海上停留了一天。
8月1日，台风袭来，元军船毁人溺，丧师大半。
江南军张禧所部和也速儿所部见天气恶劣，将战船疏开锚泊，避免了台风袭来时互相碰撞，所以损失不大。
台风过后，他们命部属立即救援遇难的元军将士，落水的范文虎也被救起。
张禧向范文虎建议，江南军士卒未溺死的尚有半数，且都年轻力壮，如果将他们组织起来，强行登陆，背水一战，或可取胜。
但范文虎置士兵生命于不顾，率先乘船逃跑。
其他“诸将各择坚好船乘之，弃军士十余万人于山下”，大部分战死，“余二、三万人为其所虏，至八角岛悉杀之”。
元军第二次东征日本，以惨败而告终。
忽必烈没有从两次东征日本失败中吸取教训，而是一意孤行，准备第三次征日。从1283年至1290年曾一再下令征日，但因大臣谏阻或忙于镇压人民的反抗，未能实行。1294年1月，忽必烈去世，征日计划也随之中止了。
二、进攻占城
占城，宋以前称林邑、占婆或环王国，即今天越南的中南部地区，汉、唐以来即为中国友好邻邦，忽必烈时，占城国王“岁遣使来朝，称臣内属”，“屡贡方物”。
补的继承王位后，不甘受制于元朝，扣押元朝派往马八儿国途经占城的使者。
1282年，忽必烈调江浙、福建、湖广兵5000人，海船100艘、战船2500艘，由唆都率领，循海道进攻占城。
11月，唆都率水军自广州浮海至占城港，依岸驻屯。
占城沿木城四面约20里处起楼栅，立炮台百余座防御，占城国王于木城西10里设行宫，率重兵屯守。
唆都在多次招降失败后，于1283年1月15日半夜发船攻城，以1600人攻城北，300人攻城东吵咀，3000人攻城南。
攻城北的部队，在进攻途中遇到风涛，损失不少战船，至天明始泊海岸登陆。
占城打开木城城门，以象队为前锋，出动万余兵力，抵抗元军的进攻。
经过苦战，最终失败，木城为元军所破，占城军伤亡数千人，数万人溃散。
补的弃行宫，率余部退入大州西北的鸦侯山。
17日，元军进入大州。
补的一面遣使求和，作为缓兵之计；一面派人去交趾、真腊、阇婆等国借兵，并征集宾多龙旧州兵马，准备与元军决战。
但交趾等国慑于元朝声威，为求自保，拒绝了占城的请求。
2月16日，元军进攻占城国王所在地境，占城军奋勇抵抗，并抄袭元军归路。
双方相持到6月，唆都在大朗湖大败占城水师。
占城国王避居深山，指挥军队继续抵抗。
次年2月，忽必烈再派江淮兵1.5万人，船200艘循海路增援，但仍然没有取得预期战果。
唆都只得于3月6日引军回国。
同年7月和11月，占城国遣使入贡元朝，双方又恢复了正常的外交关系和贸易往来。
三、进军安南
1253年，兀良哈台率蒙军平定云南，1257年出兵安南，攻破其王都，安南国王逃亡海岛。
因天气炎热，蒙古兵不能久留，遂还师。
后来，安南国王陈光昺被迫称臣入贡，接受忽必烈的册封。
1267年，忽必烈宣诏，以“君长亲朝”、“子弟入贡”、“编民数”、“出军役”、“输纳税赋”、“置达鲁花赤”等条款相约束，企图进一步控制安南。
陈光昺不愿接受这些苛刻条件，上书请免。
1277年，光昺死，子日烜继位。
忽必烈曾多次召陈日昺入朝，日昺托致不至。
1282年，元军征占城，要求假道安南，又遭拒绝。
忽必烈于是决定进军安南。
为了防御元军进攻，陈日烜从兄兴道王陈峻屯兵边境拒守。
1285年，元军在脱欢率领下，分6路进攻，击败陈峻军，渡过富良江。
陈日烜亲率10万人来援。
沿江部署兵船，立木栅拒守。
元军进攻，日烜退守天长、长安。
这时，唆都率领远征占城的元军北返，与脱欢军会合，分水陆两路追击，日烜屡败，退至安邦海口。
但这时安南援军渐集，而元军师老兵疲，加上暑雨疾疫，死伤甚众，只好放弃京城，撤兵回国。
在撤退途中，屡遭安南军追击和伏击，将领李恒中毒箭死，唆都部在乾满江被歼，脱欢逃回思明州（今广西境内）。
1286年，忽必烈下诏罢征日本，集中力量进攻安南。
次年，忽必烈发江淮、江西、湖广3省7万兵、船500艘；云南兵6000人以及海外四州黎兵1.5万人共计9万余人分道进攻安南，所有部队均受脱欢节制。
11月，脱欢率军到达思明州，然后命程鹏飞、孛罗、合答儿率万人由西道水平出击；命孛罗齐率万人随脱欢由东道女儿关北进；阿巴齐率万人为前锋，乌讷尔、樊楫率水军由玉山、双门、安邦口进攻。
途中，与安南战船400余艘遭遇，元军歼安南军4000余人，获战船100艘。
元水军乘胜直逼安南。
程鹏飞、孛罗、合答儿经老鼠、陷沙、茨竹3关，连战17次，均获胜利。
12月，脱欢进抵茅罗港。
接着，乌讷尔率水军，阿巴齐率陆军，水陆并进，攻破安南城，陈日烜逃至敢喃堡。
1288年1月，陈日烜败退入海，脱欢命诸军追击，不及而返。
元军此次远征，虽连连获胜，但由于劳师远征，士卒疲惫，又不服水土，多染疾疫，加之安南军民奋勇抵抗，已夺取的险隘纷纷失守，元军损兵折将，只得撤退回国。
1290年，陈日烜死，子日燇立。
1293年7月，忽必烈又令刘国杰等第三次远征安南。
次年3月，忽必烈病逝，元朝才罢征安南。
四、南征爪哇
爪哇国即今天印度尼西亚的爪哇岛，古称阇婆国。
元建立后，与爪哇互派使节，保持着友好的关系。
1280年和1286年，爪哇杜马班国王哈只葛达那加刺先后两次遣使入元，忽必烈对爪哇王室成员未能亲至深为不满。
1292年2月元派使出使爪哇，被爪哇王黥面，忽必烈认为这是对“抚有四夷”的大元帝国的莫大侮辱，遂决定出征爪哇。
同月，忽必烈任命史弼为统帅，亦黑迷失和高兴为副帅，率兵2万人，战船千艘，渡海进攻爪哇。
11月，军队在泉州集结。
12月，船队由后渚港启航，经七州洋（南海北部）、万里石塘（今西沙群岛）、高趾、占城，于次年正月至东董山、西董山（今纳士纳群岛），入混沌大洋（今南海南部），再经橄榄屿（今加里曼丹岛坤甸西面海中）、假里马答（今加里曼丹），到达勾栏山（今加里曼丹岛西南端附近）。
然后驻兵伐木，造小舟，准备用于登陆。
2月元军进抵吉利门（今马威安岛），并在爪哇中部北岸的杜并足（今爪哇锦石西北）登陆成功。
然后兵分两路，史弼等率水路由戎牙路（今苏腊巴亚）港口顺泗水航行至八节涧（在泗水南），高兴、亦黑迷失则率马步军循陆路前往八节涧会师。
当时，爪哇与邻国葛郎关系恶化，爪哇国王被葛郎国王哈只葛当所杀。
爪哇国王女婿土罕必阇耶攻打哈只葛当失败，退保麻诺八歇，得知元军到来，遂遣使迎降并求救。
史弼允其所求，领军进击葛郎兵，哈只葛当失败回国。
3月15日，史弼分3路进军，东西两路分别由高兴、亦黑迷失指挥；另一路为水军，溯流而上；土罕必阇那所部为后续部队，预定19日进攻葛郎国首都答哈。
19日，元军到达答哈，哈只葛当指挥10余万人迎战，结果葛郎军大败溃入河中，被死者数万人，被杀死者5000余人。
哈只葛当退至城内据守，元军一面围攻，一面招降。
当夜，葛当国王出城投降。
4月2日，土罕必阇耶要求回国，以便更换正式降表。
史弼同意所求，派兵护送他回国。
途中，土罕必阇耶背叛，杀害护送的元兵，并率部突然向元军发动进攻。
元军毫无准备，边抗击，边退却，步行300里，于24日到达海边，登舟返航。
经68昼夜航行，回到泉州。
元军远征爪哇，以失败而告终。
1294年忽必烈去世，随后中国和爪哇恢复了传统的友好交往。
五、西讨缅甸蒲甘王朝
元朝建立后，元世祖忽必烈继续以武力威胁，试图使周边国家臣服。至元八年，元世祖忽必烈通过元大理、鄯阐等路宣慰司都元帅府派遣奇得脱因等出使缅甸，诏抚缅王。
缅国蒲甘王朝那罗梯诃波帝派使者价博到达大都，忽必烈派使回访缅国。两国间建立了初步联系。
至元十年，忽必烈派勘马拉史里、奇得脱因等出使缅国，要求缅王派遣王室子弟或显贵大臣来京朝贡。未料，元使一去不归。据缅甸史籍记载，元使是因为晋见缅王不肯脱马靴而被处死的。
云南行省见使臣久久不归，缅王毫无表示，便向朝廷建议出兵征讨缅国。忽必烈没有批准，示意先观其动向。
至元十四年，元廷派兵进驻当时还不属于蒲甘王朝的今缅甸北部掸邦一带，设置了路、府。接着，千额总管阿禾归顺元朝。
缅国出动士卒四五万、战象八百头大举向元朝镇西路新附千额及原附金齿侵袭，千额总管阿禾向元廷告急。
大理路蒙古千户忽都、总管信苴日奉命出兵增援，仅率兵七百余人，骑兵二百多人，支援阿禾。
缅军共出兵四五万，前队乘马，次队驱象，再次为步兵。象披甲，背负占楼，楼内各有战士一二十人，两旁夹大竹筒及短枪。
元军与缅军在行进中遭遇，激战两日。元军善射，象队死伤过半，负伤者奔逃，散入森林，楼甲等一切战具尽毁。元军乘胜进攻，向北追出三十余里，连破十七寨。
同年十月，元朝云南诸路宣慰使都元帅纳速刺丁统兵四千人出征缅国。元军进占江头城，招降了附近的掸族部落。后因天气炎热，未深入缅境。
纳速刺丁回国后，向朝廷上奏曰：缅国地形虚实，全在我掌握中，大可伐之。至元十七年二月，纳速刺丁等再次请求征伐缅国，忽必烈予以批准，下诏调兵遣将，积极筹备，正式任命诸王相吾答尔为征缅大军统帅。五月，纳速刺丁从云南行省发兵万人，由药刺海率领。
十九年二月，忽必烈又诏思、播、叙诸郡和亦奚不薛等发兵征缅，大军从中庆出发，分兵三路。攻破江头城，杀万余人，过后，缅王的臣属建都王乌蒙、金齿西南夷等十二个部落归顺元朝。
至元二十一年，蒙古军命万户、云南都元帅契丹著名将领忙古带，随行省也速带儿从征罗必甸，时遇云南王也先贴木儿征缅之师败绩于蒲甘。
于是命忙古带率兵前往救援，迎云南王回归，但被金齿白衣、答奔诸部落处处设险道为遮，忙古带率军沿着崇山峻岭奋勇血战，凡大小十余战，始到达缅境，打通金齿道，将云南王接回，但元世祖忽必烈认为忙古带士卒伤亡过多，降授副都元帅。
缅王一直坚持到至元二十二年十一月才向元朝求降。忽必烈允许他悔过自新，重申要缅甸权贵亲自来京朝贡，并为此派兵护送怯烈出使缅甸。然而，怯烈还未到达缅甸首都蒲甘，缅甸就发生了内乱。
至元二十三年，元朝再次委招讨使张万为征缅副元帅，封云南王也先贴木儿为缅甸达鲁花赤，带兵六千，云南行省右承爱鲁征伐金齿，调察罕迭吉连的军队千人，从中庆进发，至永昌阿细甸，又派五百人护送招缅使怯烈到太公城。
至元二十四年，缅甸蒲甘王为其庶子不速速古里被囚于封地昔里怯答刺，与木浪周四人叛逃，忽必烈任命契丹将领秃满答儿为都元帅，再次攻入缅甸捕拿叛逆者。
也先贴木儿率军即将进入蒲甘时，缅甸王诱蒙军深入，然后进行包围，蒙军死伤七千余人。但是缅甸国王在蒙古军强大兵力面前，不得不投降，派使者谢罪纳款，请免军马入境。
元即遣招缅使怯烈出使其国。蒲甘王表示三年一贡，各地贵族和掸族诸部落统治者纷纷自立，大多数臣服元朝，贡纳方物，元各置宣慰司治之，蒲甘王朝自此灭亡，缅甸分成若干邦。
元军数度征讨缅甸，攻下蒲甘国，打通了东南亚交通，使中缅两国经济、文化交流更加密切。从至元二十六年到后至元四年间，缅王曾十五次派使臣至大都，元朝也四次遣使入缅。同时南下至登笼国，而登笼国亦派人随元使入贡，并得到元朝封号。
至元三十年一月，忽必烈派出三万人的远征军从泉州出发到爪哇。爪哇的主要统治者是爪哇岛东部的谏义里王。由元朝将领史弼、高兴率领的蒙古军由于另一位爪哇首领土罕必阇耶的援助，在满者伯夷附近打败了谏义里王。
蒙古军攻占了敌人的都城谏义里（或者称达哈），但是，土罕必阇耶在此之后转而反对蒙古人，迫使蒙古军返回船上。于是，土罕必阇耶在解放了爪哇岛之后，建满者伯夷国。
蒙古人在今东南亚的影响一直到达今柬埔寨。忽必烈的继承者铁穆耳帝曾派使团到柬埔寨，使团成员中有周达观，他留下了关于这次旅行的一部游记。从至元三十一年起，清迈和速古泰两个泰族王国都成了元朝的属国。
六、东征高丽
蒙古强盛时期，还对高丽发动了战争。
高丽，又称高丽王朝、王氏高丽，是朝鲜半岛古代国家之一。高丽都城为开京，国土大体上相当于今天朝鲜半岛中南部，从大同江不断向北方拓展，到12世纪时达到鸭绿江沿岸。
蒙古太祖十一年，一支原依附于蒙古人的契丹军队造反失败后，流窜进入高丽境内，占领高丽江东城，并以此为据点四处烧杀抢掠。
蒙古帝国大将哈真统帅大军追击契丹叛军进入高丽，高丽国王派遣将军赵冲领军协助，并向蒙古军提供粮草。江东城守敌投降，哈真与赵冲举行盟誓，蒙古与高丽约为“兄弟之国”。
蒙古从此年年遣使到高丽索要各种物品，从毛皮、绸缎到笔墨纸砚无一不要。高丽国小民困，物产不多，敌视蒙古的情绪逐渐升温，一蒙古使者在出使高丽返回的途中被杀。
杀死使者在蒙古人看来是不可饶恕的大罪，曾多次为此与别国开战。但由于蒙古大军西征，接着成吉思汗又在征讨西夏途中逝世，使蒙古帝国没有立即对高丽展开报复。
窝阔台即位后，以高丽杀使者为由，命撒礼塔率蒙古大军讨伐高丽。这段时期里，高丽由崔氏家族实施军事统治。蒙古军入据高丽后，洪福源率民一千五百余户前来迎降，附近州郡亦有来降者。
撒礼塔在洪福源的协同下先后攻取四十余座城，连战连捷的蒙古军直逼高丽王城。高丽高宗遣其弟怀安公王乞降。蒙古军队索取了巨额财物后退兵。但仍在高丽的各京、府、县留下了七十二名达鲁花赤，对高丽进行间接控制。
高丽国王逃至江华岛后造反，杀死蒙古所置达鲁花赤七十二人。为避免蒙古的报复，高丽武人政权掌权者崔瑀将傀儡国王和朝廷迁到了江华岛以避开蒙古骑兵的兵锋，继续抗击蒙古的侵略。
窝阔台决定第二次讨伐高丽，他再命撒礼塔率师征高丽，至王京南，攻其处仁城时，中流矢亡。副帅铁哥领蒙古军回师。原降服的高丽百姓由洪福源统治。高丽王遣其将军金宝鼎、郎中赵瑞章向窝阔台上书请罪。
窝阔台诏谕高丽王悔过，并指出他犯下的五大罪状。高丽王因占据江华岛，而蒙古没有水军，所以有恃无恐，派兵攻陷了已归附于蒙古的西京等处，劫夺了降将洪福源的家。
为此，窝阔台决定第三次派兵讨伐高丽。蒙古入侵庆尚道和全罗道。高丽民间的抵抗非常强。高丽王室也在江华岛修筑工事。虽然高丽几度战胜入侵者，但还是无法抵挡蒙古大军。
高丽高宗向蒙古请和。在高丽同意以高丽王室做蒙古人质后，蒙古撤军。但是，高丽只送了一个与王室无关的人给蒙古人。
蒙古大怒，要求高丽王室搬出江华岛到蒙古做人质并清除海上所有高丽舰船，交出反蒙古的官员。
然而，高丽这次只送去一个王子和十名贵族的孩子，拒绝了其他要求。蒙古又派兵攻克昌州、朔州等地。高丽王只好以族子为己子入质，高丽又臣服于蒙古。
元定宗贵由汗元年，高丽停止岁贡，蒙古军队再次进攻高丽，迫使高丽王遣王子前来朝贡，并留蒙古为质，要求高丽王室搬出江华岛做蒙古人质。
蒙古大汗贵由汗死后，蒙古撤军。蒙古大汗蒙哥继位，蒙古再次要求高丽王室做人质。高丽回绝后，蒙古大规模入侵高丽。高宗最后同意搬出江华岛并将世子安庆公交给蒙古，蒙古军随后撤退。
蒙哥汗八年，高丽大司成柳璥、郎将金仁俊等人***，杀死崔竩，崔氏政权覆灭。在主和派文臣的建议下，高丽高宗最后同意将首都从江华岛迁回开城，并将世子王倎送到蒙古。蒙古军随后撤退，高丽成为蒙古的附属国。蒙古人在高丽北部设置了双城总管府和东宁府。
元世祖忽必烈中统元年春，高丽国王逝世，忽必烈派兵护送世子王倎回国即位并改名王植，是为元宗。同时宣布在高丽境内实行大赦，送还高丽俘虏及逃入辽东的民户，禁止蒙古边将侵扰高丽，以抚民心。
元宗即位后一直采取亲元立场，并且曾数次前往元大都朝见忽必烈。然而高丽武臣的势力依然很大，金仁俊、林衍等武臣相继上台执政，并对元朝持强硬态度，元宗也无可奈何。
至元七年，林衍废黜了元宗，拥立安庆公王泪为王，独揽朝政。元宗被废触犯了元朝的利益，因此忽必烈遣使诘问林衍。林衍谎称元宗是因病逊位。因此，忽必烈要求元宗与安庆公王泪同来元大都以断其曲直，林衍拒绝了这一要求。
同年十月，忽必烈派头辇哥率大兵压境，封在京朝觐之高丽王世子为特进、上柱国，并派兵护送他回国平乱。同时，派兵部侍郎里德一行出使高丽，限期高丽林衍等来京陈情，听侯决断。
林衍发兵抗击元军，失败窜居海岛，元宗在开城重新登上了王位。不久林衍的残部就杀死了林衍的儿子林惟茂，将其家属执送元大都。长达一百多年的武人时代终于结束，权力回到了高丽国王的手里，但是此时高丽朝廷已经成为蒙古帝国的附庸。
根据蒙古朝廷的命令，高丽元宗将首都从江华岛迁回了开城。在蒙古朝廷的授意下，高丽元宗决定解散三别抄军。A三别抄，是高丽时代一支遂行警备与战斗任务的特殊部队，是左别抄、右别抄与神义军的统称。高丽权臣崔瑀以备盗为名建立具有崔家私兵性质的“夜别抄”为其最早的由来。
之后夜别抄人数增多，分为左别抄与右别抄两支部队，再加上被蒙古俘虏逃回者组成的神义军，合称三别抄，成为武人持续掌握高丽政权的重要权力基础。三别抄军始终坚持其反蒙古政策。
高丽元宗决定解散三别抄军，引起了三别抄军怨恨，在裴仲孙的率领下，三别抄军起兵叛乱，抗击高丽朝廷和其宗主国蒙古帝国。
他们有组织地封锁了江华岛和大陆间的水路，并占据了附近岛屿和沿岸地区作为根据地。三别抄军拥立王族承化侯王温为国王，建立了一个海上王国以抗拒蒙古。
他们后来放弃了江华岛，逃往西南的岛屿珍岛。虽然三别抄军袭击了高丽西南部的全罗道，但珍岛的粮食却开始紧缺。蒙古朝廷诏谕三别抄军降伏。裴仲孙请求让蒙古军先退兵，然后奉土投降，但被忽必烈拒绝。
至元八年五月，元将领忻都率兵攻占珍岛，王温等被杀。金通精退往耽罗。至元十年四月，忻都攻占耽罗，捉拿了金通精等人。元军占领济州岛，元朝于是设耽罗国诏讨司，屯兵驻守。高丽国王投降蒙古汗国，高丽蒙古战争结束，高丽成为元朝的藩属国。
元朝在高丽置征东行省，全称征东等处行中书省，由元朝直接统治。在王京设达鲁花赤管理征东事务及监管高丽国政，保留高丽原有政府体系，“从其国俗”“自奏选属官”，丞相由高丽国王兼任。
至元十一年五月，忽必烈将女儿忽都鲁洁丽米斯嫁给高丽王子。六月，高丽老王逝世，王子继位。第二年，应忽必烈要求，高丽新国王改变了所有与元朝相类似的省、院、台、部等官职名称，派遣二十名贵族子弟前来“入侍”元朝。
自从高丽元宗的世子忠烈王娶忽必烈的女儿为妻后，以后的高丽君主直到高丽恭愍王都是娶蒙古公主为妻。高丽君主继承人按照约定，必须在元大都以蒙古人的方式长大成人后，方可回高丽。此后高丽处在蒙古的殖民统治之下近百年。
至元十七年夏，元朝在高丽创设驿站，加封高丽王储为开府仪同三司和行省左丞相。第二年，元朝在高丽征发军士、水手二万五千人，战船九百艘，发动侵日战争。至元十九年，日本侵扰高丽沿海，在高丽国王请求下，元军驻防金州。
第二年，元朝正式在高丽设置征东行中书省，以高丽王与元军将领阿塔海共领行省事。至元二十一年，忽必烈将耽罗划归高丽。