事实上，尽管关于巫术案件在漫长的中古时代里时有所闻，真正的猎巫风潮却是到十五世纪才出现。
也就是说，一般人眼中可与迷信、疯狂画上等号的猎巫热，和所谓告别黑暗时代的文艺复兴、人文主义，其实是同一个时代的产物。
这中古时代的最后一个世纪，也正是宗教改革萌芽的时代。
在宗教改革席卷欧洲后，到了十七世纪，也就是科学革命的时代里，本来已经退烧的猎巫热也曾经再度死灰复燃。
极度不理性的猎巫和理性主义发展为何会在同一个时代里发生？难道是早期近代社会中"迷信的社会大众"和"理性的知识份子"的对照吗？大家需要知道，无论巫术的审判在现代人眼里看起来多么荒谬，十五至十七世纪欧洲的司法制度已有一定的规模。
施行巫术的罪名若要在审判中成立，必须是当时的法律学者等知识分子也相信魔鬼、巫术这些事情。
世俗人士是如何涉入这些巫术审判的呢？这是因为中古欧洲的审判制度虽然有教会法庭和世俗法庭的区别，但是，从中古晚期开始，许多宗教罪也会由世俗法庭审理。因此，神学家、法学专家、加上能够检验嫌犯与受害者身体的医生，都参与了关于巫术之论述的建构── 这些人常常还有一个兴趣，就是讨论宇宙万物秩序的自然哲学。
在十六世纪结束时出版的《论魔术》是早期近代欧洲关于巫术的著作中，仅次于《女巫之槌》的畅销书，甚至在新教地区也很受欢迎。
这本书参考当时的自然哲学来分析魔／巫术，其论述也反映出魔鬼论在欧洲的兴起。
严格来说，魔鬼论并不能算是来自中古时代的古老观念。
中古基督徒们并不刻意区分自然界与超自然界，对于各种超自然现象，他们也不常从理论上讨论哪些是上帝的手笔、哪些又是恶魔、撒旦的作为。
十三世纪著名的神学家阿奎那经把世间的各种事物分为自然、超乎自然、超自然）三种。
但是阿奎那和与他同时代的学者们并未明确定义三个类别之间的界线，"超乎自然"的分类也不过是另外两者之间的一个模糊地带。
如果要解释神学家眼里"超乎自然"和"超自然"之间的区别，大约可以这么说："超自然"是属于上帝、完全不受自然法则约束的范畴，而"超乎自然"的事物看似超越自然法则，实际上却非来自上帝的干预。
如果再继续扩大解释，则可以说，有些超乎自然的现象其实是由自然力量和规则产生，却因为人们不理解而误以为是超自然现象，有些则可能是由上帝和自然以外的某种力量所造成──例如魔鬼。
因此，到了文艺复兴、宗教改革和接下来科学革命的时期，自然哲学家们试图解开各种自然奇观与看似非自然现象的原理，想把这些超乎自然现象背后的自然法则找出来。
同时，基督徒们也被不同的宗教派别与真假不明的"神迹奇事"困扰，亟欲整理出一套分辨神迹真伪的方法，或是至少要能定义何谓真的神迹、真的狂喜经验
中古末期已有神学家引用医学观点，认为疾病容易导致错觉、幻想，让人以为自己见到圣人、圣母甚至耶稣显灵。
除了疾病这种属于自然因素可解释的超自然经验以外，还有一种可能：就是魔鬼干的好事。
这个时代的神学家在意的是如何界定真正来自上帝的作为，除了更清楚定义"超自然"和"超乎自然"之间的区别外，则主要针对魔鬼、魔术来讨论。
十二世纪以后，许多神秘主义者（其中多数是女性）采用长期禁食等严格的苦修方式，其中有些人甚至身上常常带有伤口。某些伤口是苦修者自己造成的，它们和禁食、苦修导致的病痛都被支持者认为是虔诚的表现；有些伤痕则是如神迹般出现，也被视为上帝恩宠或是圣人品格的象征。
在中世纪欧洲人的世界观里，虽然巫术确实存在，真正能超越或改变自然法则的只有上帝，魔鬼终究低于上帝，且受限于自然法则。也就是说。宇宙的运转总是依循固有的规则，不受巫术等力量的影响。